Еще во время обучения в университете Ш. начал заниматься изучением языка средневековых новгородских грамот, местными говорами Олонецкой губернии, вопросами реконструкции общеславянского языка. В том числе для этой цели впоследствии исследовал говоры славянских языков. Ш заложил основы современных исследований праславянской фонологической системы. Через все научное творчество Ш. проходит интерес к древнерусскому летописанию. Специально изучением русских летописей он занялся в конце 90-х гг. XIX в., когда написал рецензию на книгу И.А. Тихомирова «Обозрение состава московских летописных сводов», в которой подверг критике существующую метедологию изучения древнерусских летописей. Ш. впервые последовательно применил текстологический метод при исследовании летописных текстов, что позволило ему реконструировать важнейшие несохранившиеся этапы древнерусского летописания, с XI в. до XVI в. Основное внимание Ш. сосредоточил на реконструкции древнейших этапов русского летописания, предшествовавших Повести временных лет. Исследования Ш. по летописанию отличали полнота привлечения материала, строгое следование методологии, а также многочисленность гипотез, при помощи которых Ш. зачастую...
В центре внимания Ш. находились вопросы экономики и финансов, права зарубежных стран. В период эмиграции принимал активное участие в сохранении русской культуры. Ему, в частности, принадлежала инициатива проведения Пушкинских дней в Сантьяго в 1937 г.
Ш. – специалист в области экономической статистики, истории трудовых отношений. В своей магистерской диссертации Ш. рассмотрел историю трудовых конфликтов в странах западной Европы. В качестве докторской диссертации защитил первый том работы «Квалифицированный труд», который посвятил изучению законодательства, касающегося детского фабричного труда. Также среди крупных исследований Ш. стоит отметить – «Трудовая помощь в России», «Введение в экономическую статистику». Работы Ш. были основаны на марксисткой политической экономии. Значительная часть рукописного наследия Ш. погибла во время Великой Отечественной войны, в 1942 г. в ходе захвата немцами Воронежа.
Филолог-славист, занимался римской словесностью.
Зоология, энтомология, эмбриология беспозвоночных. Проф. Шевяков- основатель отечественной протистологии выделяются его работы по движению грегарин, по систематике инфузорий, по строению радиолярий. Ему также удалось разгадать механизм движения радиолярий. Ему принадлежит заслуга полной перестройки научно-педагогической работы в области зоологии в Санкт-Петербургском университете по образцу прежде всего немецких университетов. Главный акцент был сделан на практические занятия. По мнению современников. Зоотомический кабинет стал лучшим в России. По мнению С.И. Фокина не смог создать настоящей протозоологической научной школы, но заложил ее прочный фундамент, на котором она была создана уже в советское время его лучшим и любимым учеником В.А. Догелем.
Общее землеведение, региональная география, краеведение. Методика преподавания географии. Одним из первых стал изучать суховеи («сухие туманы») в условиях русских полупустынь, ввел термин «полупустыня» в научный оборот. В советское время в связи с расширением преподавания географии в педагогических вузах Ш. стал уделять много внимания вопросам методики преподавания географии в высшей и средней школе. Считается одним из крупнейших советских географов – методистов. Автор многочисленных учебников по географии. Особое значение Ш. придавал географическим экскурсиям. Большой вклад Ш. внес в подготовку и редактирование карт и наглядных пособий для преподавания географии.
Искусствовед, историк искусства, этнограф, фольклорист, краевед. Исследовал искусство, культуру, историю, быт, обычаи, фольклор Украины и Подолья XIX - начала ХХ в., украинскую графику XIV-XIX вв., художественное наследие.