Химик, инженер-технолог. Специалист по керамике. Занимался технологией изготовления огнеупорных материалов из глины.
История государства и права. Социально-экономическая история Киевской Руси. Ю. опубликованы значимые источники по истории русского права. Он является видным исследователем «Русской Правды».
Был сотрудником центрального комитета нового алфавита, разрабатывал письменности для бесписьменных народов СССР; один из основателей советской арабистики; первым в Советском Союзе начал изучать амхарский язык. Начинал как интерлингвист, в дальнейшем переключился на семито-хамитское языкознание, но окончательно от интерлингвистики не отошел.
Физик, ученый геодезист, картограф, педагог. Автор научных трудов и учебных пособий по навигации, картографии, мореходной астрономии. Воспитал несколько поколений гидрографов и штурманов.
Биология, естествознание.
Специалист в области математической статистики. Занималась разработкой материалов Петербургского суда для малолетних, материалы отдела промышленности о стачках в России в 1910-1912 гг., школьной статистики земств.
Физическая химия. Неорганическая химия. Теория растворов.
Интересовался историей античного (Греция, Рим) и русского права, вопросами библиотековедения и библиографии. В 1936 г. решением ВАК И. И. Яковкину была присуждена ученая степень доктора исторических наук без защиты диссертации.
Литературовед, историк литературы, театровед. Занимался исследованием древнерусской литературы, историей балета, творчеством М.Ю. Лермонтова.