В силу загруженности преподаванием в годы работы в университете, не публиковал лекций и научных трудов. Более известен как автор подробной аналитической хроники «дела профессоров» 1821 г.
Изучение истории политических партий России, формирования политической культуры общества, методики преподавания исторических дисциплин в вузе.
В центре научных интересов были вопросы языка, истории и культуры монголов, китайцев и манчжуров. Ученый принимал непосредственной участие в разработке политики Российской Империи на Дальнем Востоке. В экспедициях им были собраны богатейшие коллекции литературных памятников на китайском, манчжурском и монгольском языках, а также предметов, связанных с религиозным культом, в частности, буддийских скульптур. Одним из первых отечественных исследователей обратился к изучению т.н. "хождений" - художественно оформленных записок буддийских путешественников. П. принадлежит заслуга публикации ряда "хождений". Особую ценность представляют записки калмыцкого монаха Бадмы Менкеджуева о его пктешествии на Тибет.
На раннем этапе своей научной деятельности П. обращался к изучению истории Китая и положению национальных меньшинств, проживающих на его территории. Под его руководством было издано двухтомное «Описание Манчжурии», в котором составлены подробные исторический и географический очерки, даны сведения об особенностях управления этой территорией, характеристика национального состава, данные о развитии торговли, добычи полезных ископаемых и др. В 1897 г. П. также издал очерк по истории уйгурского народа. В начале ХХ в. П. обратился к изучению истории и филологии Японии. Проанализировав торговые отношения Японии с ведущими европейскими странами, а также изучив экономическое положение страны в целом. П. пришел к выводу, что недооценка уровня развития Японии стало одной из причин поражения России в войне 1904-1905гг. (важным фактором начала военных действий П. считал подстрекательство западных стран, недовольных укреплением России в Азиатском регионе). Большинство научных разысканий по данной теме стало основой для книги «Япония. Страна, население, история, политика» (1925). Также весомым научным достижением П. стало составление одного из первых русских словарей японских иероглифов.
Историк, этнограф, специалист по истории религии, пропагандист-антирелигиозник.
П. – специалист в области античной истории и культуры. Опубликовал ряд работ по истории Древнеримского государства, по хронологии греческой истории и др. Во время работы в Санкт-Петербургском университете читал курс о культурно-социальных отношениях в эпоху эллинизма, о римской истории и др. В своей магистерской диссертации пытался доказать фундаментальное, нормативное значение демократии в государственной жизни Древней Греции. Такое положение вызвало критику со стороны некоторых антиковедов, например В.П.Бузескула. Идеи о новой хронологии афинской истории, предложенные П. в докторской диссертации, также имели неоднозначные отклики в научной среде.