Первоначально основным предметом интереса Б. являлась история общественно-политической и религиозной мысли в Европе накануне и в период Реформации. Объектами его исследований и персонажами первых научных трудов, а затем и лекционных курсов становились такие выдающиеся деятели гуманистического движения, как НикколоМаккиавелли (ему посвящен один из студенческих рефератов) и Себастьян Франк (1499–1543). В годы своей командировки в Нидерланды он обратился к изучению биографии и наследия голландского мыслителя и художника ДиркаКурнхерта (1522–1590), а также французского протестантского теолога и проповедника Себастьяна Кастеллио (1515–1563) и голландца Иоганна Кампануса(1500–1574). Однако с течением времени интересы его постепенно переориентировались на сюжеты, связанные с новейшей мировой историей (второй половины XIX – начала XX в.). А с отъездом из России и, особенно, с началом работы в Амстердамском университете он вынужден был и вовсе отойти от европейской исторической проблематики и целиком сосредоточиться на исследовании и преподавании русской истории (а также русского языка и литературы). Такая смена исследовательских интересов оказалась, впрочем, отнюдь не безрезультатной...
Специалист в области преподавания английского языка, автор учебника китайского языка для вузов, диалектолог. Сфера научных изысканий была тесно связано с научными интересами мужа, А.А. Драгунова.
Военно-морской историк, биограф выдающихся российских флотоводцев. Отельной сферой исследований Б. была история русских знамен.
Б. – специалист по истории Сибири, истории церковного права. Является автором текстов по богословию.
Библиограф. Большую часть жизни посвятила работе в библиотеках на разных должностях. По отзывам современников, была серьезным специалистом в области библиографии краеведения, медицины и лесного дела. Е.И. Беляковской принадлежит ряд библиографических трудов, наиболее значимые среди которых — указатель «Народная медицина и медицина древнего мира и средних веков: (Русская и иностранная литература XVIII-XX вв. по 1937 г. включительно)», содержащий 2604 названий. Е.И. Беляковская также принимала участие в составлении указателя «Лесная промышленность и лесное хозяйство Карело-Финской СССР в 4-й Сталинской пятилетке, 1946-1950 гг.», который остался только в рукописном виде в Национальной библиотеке Карелии. Ею начата была работа по библиографии «Народное образование в Карело-Финской ССР».
Б. известен своими трудами по древней истории евреев. В рамках работы в Историко-революционном архиве занимался сбором и описание революционных прокламаций начала XX в.
Б. – известный историк-византинист, специалист в области церковного права. Участник множества археографических экспедиций в Малой Азии. В начале ХХ в. в библиотеке Синайского монастыря обнаружил три листа Синайского кодекса – греческого списка библии, составленного в IV в.
Теория и история русского и западноевропейского искусства. Художественная критика.
Археолог, специалист по культуре первобытных обществ. Составитель указателей палеолитических стоянок СССР. Изучала заселение Америки древним человеком.
Юрист, экономист. Специалист в области административного и финансового права России и Финляндии. Занимался изучением ярославских архивов, описанием нумизматической коллекции И.А. Вахромеева.