В 1874 г. М. окончил Училище Святого Петра (Петришуле) в Петербурге, затем юридический факультет Петербургского университета.
С 1879 г. – кандидат на судебные должности при прокуроре Петербургского окружного суда. Вскоре был переведен на должность секретаря при прокуроре Орловского окружного суда.
С 1880 г. занимал различные должности в аппарате Министерства юстиции.
С 1886 г. – чиновник особых поручений при директоре департамента Л.В. Безродном, а вскоре помощник управляющего законодательным отделением. С 1888 г. – юрисконсульт Министерства юстиции, с 1893 г. – старший юрисконсульт. В 1890 г. – товарищ обер-прокурора Уголовно-кассационного департамента Сената.
В 1895—1901 гг. — директор Первого департамента Министерства юстиции, с 1901 г. – товарищ министра юстиции. С 1902 г. также сенатор. В апреле – декабре 1905 г. — министр юстиции, генерал-прокурор; в конце 1905 г. покинул пост министра и в 1906 г. был назначен членом Государственного совета с оставлением в звании сенатора. С 1910 г. возглавлял Комиссию законодательных предположений Госсовета.
В 1912 г. расследовал обстоятельства Ленского расстрела.
В июне – июле 1915 г. временно исполнял обязанности вице-председателя Государственного совета.
3 мая 1917 Временным правительством назначен сенатором Первого департамента Сената.
После октябрьской революции был членом Комиссии по разработке проекта договора между Россией и Финляндией, работал юрисконсультом Наркомата финансов РСФСР, делопроизводителем Сапропелевого комитета Комиссии по изучению естественных производительных сил России при Академии наук.
Репрессирован по Таганцевскому делу в 1921 г. – 21 июля его арестовала Петроградская ЧК. 3 октября того же года М. был приговорен к двум годам принудительных работ, однако 22 октября был освобожден по состоянию здоровья.
Скончался 17 апреля 1922 г. в Петрограде.
Орден Святого Владимира 4-й степени;
Орден Святого Станислава 1-й степени,
Орден Святой Анны 1-й степени;
Орден Святого Владимира 2-й степени;
Орден Святого Александра Невского (1912)
Орден Почетного легиона офицерского креста (Франция);
Орден Красного Орла 2-го класса (Германия).
Государственный деятель, юрист.
Объяснения Министерства Юстиции на соображения Министерства Финансов и Государственного Контроля на проект сметы по тюремной части на 1902 год. [СПб.: б. и., 1901]. 21 с.
Сенатор, тайный советник. Сергей Сергеевич Манухин // Левенсон М.Л. Государственный совет / [Сост.-изд. М.Л. Левенсон]. Пг., 1915. С. 66.
Кони А.Ф. С.С. Манухин (Воспоминание) // Кони А.Ф. На жизненном пути. Л., 1929. Т. 5
Шевырин В.Д. Манухин Сергей Сергеевич – министр юстиции Российской Империи (21 января 1905 г. – 24 апреля 1906 г.). "Быть слугой закона, а не его рабом…" // Бюллетень Министерства юстиции Российской Федерации. 2000. № 2. С. 92-98.
Звягинцев А.Г., Орлов Ю.Г. «Отстоять в дни смуты и потрясения интересы права и законности»: Генерал-прокурор Сергей Сергеевич Манухин // От первого прокурора России до последнего прокурора Союза. М.: ОЛМА-пресс, 2001.
Министры юстиции Российской Империи. Манухин Сергей Сергеевич (1905) // РНБ.
Манухин Сергей Сергеевич //Генеральная прокуратура РФ.
Манухин, Сергей Сергеевич // Энциклопедия Petrischule.
ЦГИА СПб. Ф.14. Оп.3. Д.18145. Манухин Сергей Сергеевич. 1874.
ЦГА СПб. Ф.Р-53. Оп.5. Д.89. По иску Пассек Ольги к имуществу остав. после смерти Манухина Сергея. 06.05.1922–06.07.1922. 22 л.
РГИА. Ф.1405. Оп.528. Д.133. Формулярный список о службе сенатора С.С. Манухина. 5 мая 1917 г.
ГА РФ. Ф.1186. Оп.1. Д.1. Дело о поручении С.С. Манухину произвести расследование причин забастовки рабочих на Ленских приисках. Копия Указа Правительствующего Сената, инструкция, объяснительная записка С.С. Манухина к отчету о результатах произведенного расследования и всеподданнейший отчет Иркутского генерал-губернатора за 1910-1911 гг. 30 апреля 1912 – 27 ноября 1912
Выдающиеся выпускники Императорского Санкт-Петербургского университета (в процессе подготовки)