Одной из главных заслуг М. является огромный фактический материал по истории индийских языков и культур, добытый им во время трех экспедиций в Индию (1874-1876, 1879-1880, 1885-1886). Является одним из первых европейских исследователей языка пали. Несмотря на то, что в центре его научных интересов лежало изучение буддизма, среди востоковедом выделялся особенно тщательной проработкой лингвистических вопросов. Минаевым издано большое количество индийских памятников и фольклора.

Основоположник отечественного тохароведения и пионер изучения джайнизма в России. Особое значение имеют его каталоги индийских рукописей Публичной библиотеки и Азиатского музея.

Круг научных интересов М. был весьма обширен и включал в себя разнообразные вопросы, связанные с историей Нового времени, средневековья и античности. Но основной сферой его научных занятий неизменно оставалась история Австрии (при этом преимущественно Нового времени). Именно этому предмету были посвящены его главные научные труды — магистерская диссертация (1907), а также монография об императоре Леопольде II, которую историк предполагал представить в качестве докторской диссертации (однако из-за болезни и невозможности выезжать за границу, в связи с начавшейся мировой войной, так и не завершил). За время работы в зарубежных архивах (в ходе командировок 1902–1904 и 1909–1910) М. сумел собрать чрезвычайно обширный источниковый материал, тщательный анализ которого — в сочетании с широтой авторского научного мышления и умением, по словам самого М., рассматривать историю Австрии «с австрийской точки зрения» — во многом позволяет его исследованиям оставаться актуальными по сей день.

М. специалист в области физиологии. В центре его исследовательской деятельности находились животные краски и белки. В 1880х гг. работал в физиологическом кабинете университета, был помощником И.М.Сеченова.

Специалист в области гражданского судопроизводства, история русского права, история сословий. Также в центре внимания М. находились вопросы военно-уголовного права. Являлся признанным специалистом в области истории русского гражданского права.

Первоначально, в годы первой научной командировки (1862–1864) и работы над магистерской диссертацией, в центре внимания М. находилось историко-литературное наследие Корнелия Тацита, а также связанные с ним проблемы истории и историографии Римской республики и ранней Империи (отражением этого интереса впоследствии стал перевод сочинений этого римского автора, изданный М. в 1886–1887). Однако после магистерской защиты (1865) он начинает постепенно переориентироваться в своих научных изысканиях на проблемы более ранней римской истории, а также на вопросы, касающиеся зарождения и становления латинской письменности и письменной традиции. Увлечение древнейшей римской историей особенно отчетливо проявилось в последний — итальянский — период жизни М., когда он, подолгу проживая в Риме, получил возможность «на месте» знакомиться с результатами новейших археологических и исторических исследований по избранной им тематике. Итогом данных исследований в конце 1890-х – начале 1900-х стал целый ряд публикаций (как в научной периодике, так и отдельно), содержащих в себе уникальный для отечественного антиковедения того времени обзор археологических культур Италии от эпохи палеолита до...

Свою научную деятельность М. посвятил изучению морфологии, анатомии, биологии тлей. Он стал автором одного из первых монографических исследований о фауне тлей на территории России. Работы М. представляют значимость для охраны растений от вредных насекомых.

Юрист, правовед, специалист в области административного права, гражданского судопроизводства.

М. – видный пушкинист. В 1887 г. им составлено ценное собрание сочинений Пушкина, изданное Литературным фондом. Изучение литературного наследия Пушкина было главной, но не единственной сферой интересов исследователя. Им написана «История русского театра», которая долгое время оставалась одной из лучших книг по этому вопросу. М. составлен отдел славянских литератур в «Истории всеобщей литературы» Корша и Кирпичникова. Помимо работ по истории театра и изучению творчества Пушкина перу М. принадлежат биографии Н.В. Гоголя, А.Н. островского и др.

В центре внимания М. находились вопросы истории русского права, в частности, положение иностранцев в древней Руси и Московском государстве.