В 1733 г. будучи студентом университета вместе со своим учителем И.Г. Гмелиным, а также Г.Ф. Миллером отправился в экспедицию в Сибирь, где вел географические и метеорологические наблюдения, изучал быт и культуру местных народов. В 1735 г. К. начал собственную экспедицию с небольшим отрядом, проделав путь от Аргуни через Читу и Забайкалье по направлению к Камчатке и от Камчатки до Охотска. Вторая экспедиция К. длилась четыре года в течение которых он и его помощники преодолели более 5 тысяч км, изучая рельеф, климат, флору, фауну и быт коренных жителей полуострова.
Вернувшись в Петербург в конце 1742 г. К. представил отчеты об экспедициях собранию академиков. В 1745 г. он получил звание адъюнкта натуральной истории и ботаники. С 1747 г. К. управляет Ботаническим садом Академии. В 1748 г. он начал преподавание натуральной истории, а в 1750 г. был избран академиком и профессором ботаники. Управляя университетом и гимназией, К. расширил обучение иностранным языкам и практику переводов, а также ужесточил систему надзора за учащимися.
В последние годы жизни К. занялся изучением флоры и фауны Петербургской губернии, в 1752 г. участвовал в экспедиции на Ладожском озере и около Новгорода.
К. также занимался переводами, в частности переводил книгу Эйлера о кораблестроении, а также заново перевел с латинского «Историю об Александре Великом» Курция Руфа, снабдив свой перевод многочисленными примечаниями историко-географического содержания.
К. – известный географ, ботаник, этнограф, путешественник. Фундаментальный труд К., обобщивший материалы его многолетних экспедиций, «Описание земли Камчатки» (первое русское изд. 1756) получил признание не только среди ученых, но и у широкой просвещенной публики. Он многократно переиздавался, еще до начала XIX в. был переведен на многие европейские языки.
Велики заслуги К. в области ботаники, географии, метеорологи Сибири и Камчатки, а также в изучении истории и этнографии региона. Труды К. содержат подробные описания культуры, обрядов, верований, быта ительменов, собранный им этнографический материал сохраняет актуальность для современных исследователей.
Именем К. названы 10 географических объектов, в том числе полуостров, бухта и гора на Камчатке, мыс на о. Карагинский, полуостров на Новой Земле, гора в Антарктиде.
Речь о пользе наук и художеств // Торжество Академии наук на вожделенный день тезоименитства ея императорскаго величества державнейшия и непобедимейшия великия государыни императрицы Елисаветы Петровны самодержицы всероссийския публично говоренными речми и иллюминациею празднованное сентября 6 дня 1750 года. СПб., 1750.
Курций Руф К. Квинта Курция История о Александре Великом царе македонском : С дополнением Фрейнсгеима и с примечаниями / Переведена с латинскаго языка вторично, Степаном Крашенинниковым Академии наук профессором. СПб., 1750.
Описание Земли Камчатки. СПб., 1755. Т. 1-2.
Flora Ingrica ex schedis Stephani Krascheninnikow botanices et historiae naturalis professoris quondam Petropolitani confecta et propriis observationibus aucta a Davide de Gorter A.L.M. Ph. et M.D. augustissimae Russorum Imperatricis medico, Acad. Imp. scient. Petrop. et Caes. Nat. Cur. ut et Soc. Reg. Lond. et Holm. membro. Petropoli [St.- Peterburg], 1761.
С.П. Крашенинников в Сибири : Неопубликованные материалы. Л., 1966.
Сборник статей, посвященный памяти С.П. Крашенинникова. Л., 1939;
Андреев А.И. Ломоносов и Крашенинников. Л., 1940;
Степанов Н.Н. С.П. Крашенинников в Бурятии // Этнографический сборник БКНИ СО РАН. Улан-Удэ. 1962. Вып. 3. С. 115-124.
Фрадкин Н.Г. С.П. Крашенинников. М., 1974.
Фундаминский М.М. Библиотека академика С. П. Крашенинникова // Русские библиотеки и их читатель. Л., 1983. С.142-149.
Полевой Б. П. «Знать своё отечество во всех пределах…» : к 275-летию со дня рождения С. П. Крашенинникова // Дальний Восток. 1986. № 10. С. 130-135.
Шишкин В. С. С. П. Крашенинников — первый русский академик биолог (1711—1755 гг.) // Биология в школе. 1997. № 6. С. 17-20.
Рыжкова Н.О. Достойный гражданин Отечества": К 250 - летию со дня рождения С. П. Крашенинникова (1711 – 1755) и 245 - летию издания его книги «Описание земли Камчатки» // Библиотековедение. 2001. №6. С.66-69.
СПФ АРАН. Ф. P-I. Оп. 7. "Рукописи трудов Гришова А.-Н., Крашенинникова С.П."
СПФ АРАН. Ф. P-I. Оп. 13. "Материалы Крашенинникова С.П., относящиеся к Камчатской экспедиции (рукописи трудов, рапорты о работах и т.п.)
СПФ АРАН. Ф. 20. Оп. 005. Д. 57. О рассмотрении книги о лесоводстве, сочиненной профессором Крашенинниковым. Черновик канцелярского журнала..
СПФ АРАН. Ф. 20. Оп. 003. Д. 58. «Переводы рецензий диссертаций первого тома новых комментариев».
Сетевой биографический словарь историков Санкт-Петербургского университета XVIII–XX вв. СПб., 2012-.
Ред. коллегия: проф. А.Ю. Дворниченко (руковод. проекта, отв. ред), проф. Р.Ш. Ганелин, доц. Т.Н.Жуковская, доц. Е.А.Ростовцев /отв. ред./, доц. И.Л. Тихонов.
Авторский коллектив : А.А. Амосова, В.В. Андреева, Д.А. Баринов, А.Ю. Дворниченко,Т.Н. Жуковская, И.П. Потехина, Е.А.Ростовцев, И.В. Сидорчук, А.В. Сиренов, Д.А. Сосницкий, И.Л. Тихонов, А.К.Шагинян и др.
Петербургская историческая школа (XVIII – начало XX вв.): информационный ресурс. СПб., 2016-.
Ред. коллегия: Т.Н. Жуковская, А.Ю. Дворниченко (руковод. проекта, отв. ред.), Е.А. Ростовцев (отв. ред.), И.Л. Тихонов
Авторский коллектив: Д.А. Баринов, А.Ю. Дворниченко,Т.Н. Жуковская, И.П. Потехина, Е.А.Ростовцев, И.В. Сидорчук, Д.А. Сосницкий, И.Л. Тихонов и др.