Н. – крупный специалист по теории и истории русской литературы. Им был разработан курс теории российской словесности, на протяжении долгих лет читавшийся в Санкт-Петербургском университете. Кроме того, Н. занимался созданием критических обзоров и редактированием произведений Пушкина, Островского и мн.др. Н. также приобрел особую известность как автор дневника и мемуаров – ценных источников по истории общественной и литературной жизни России 1820-1870-х годов, в том числе истории Санкт-Петербургского университета.

Марксистко-ленинская философия, проблемы воспитания советского человека.

Н. – также по военной истории, истории КПСС. Участвовал в подготовке и издании «Истории Второй мировой войны» (М., 1973-1982. Т.1-12).

Классическая филология (греческая диалектология и драматургия), византиноведение. Многие его работы были посвящены вопросам диалектологии, в частности, магистерская диссертация, в которой автор изложил сущность феокритовского эолизма и дал несколько поправок к плохо сохранившемуся тексту стихотворений. Докторская диссертация была посвящена вопросу о составе и порядке драматических состязаний в Афинах, решаемому на основании эпиграфических памятников. Многие положения, раньше считавшиеся бесспорными, благодаря исследованию Никитина были отвергнуты и заменены другими, которые были поддержаны и европейскими учеными.

Круг научных интересов Н. сформировался всецело под влиянием его учителя Ф.Ф. Соколова, за годы своей карьеры воспитавшего целое поколение отечественных антиковедов и филологов-классиков. С самого начала самостоятельной научной деятельности Н. остановил свой выбор на изучении эпиграфического наследия областей Средней Греции (Локриды, Дельф, Этолии) — чему в немалой степени способствовала первая же его научная командировка (1883–1884). Его изыскания базировались, в первую очередь, на детальном методическом исследовании и классификации греческих надписей в соответствии со специально сформулированными им четкими правилами (изложены в разделе «Prolegomena» его докторской диссертации). За годы научной деятельности ему удалось собрать, систематизировать и опубликовать целый ряд ранее неизвестных эпиграфических памятников, что, в свою очередь, позволило разработать некоторые малоизученные вопросы истории Древней Греции. Основным достоинством и отличительной особенностью исследований Н. неизменно признавалась (и признается поныне) чрезвычайная тщательность и скрупулезность историко-филологического и эпиграфического анализа, благодаря которой за историком закрепилась репутация...

Е.В. Никитюк является специалистом по истории древней Греции классического периода. Основные научные исследования посвящены различным аспектам истории и культуры Афин V-IV вв. до н.э. В кандидатской диссертации «Процессы по обвинению в религиозном нечестии (graphe asebeias) в Афинах в последней четверти V в. до н.э. (к проблеме кризиса полисной идеологии)» были проанализированы суть асебии в античном понимании, юридические основания для возбуждения судебного преследования по обвинению в религиозном нечестии, типы судебных процессов и виды наказания. Подробно были рассмотрены пять случаев обвинения в нечестии в 430-415 гг. V в. до н. э. -  процессы Анаксагора, Протагора, Аспасии, Фидия и Алкивиада. Судебный процесс 415 г. над гермокопидами и профанаторами Элевсинских мистерий, в который был втянут Алкивиад, имел большие политические и общественные последствия и оказал влияние на дальнейший ход афинской истории. В 2018 г. была опубликована монография, посвященная этому сюжету. Одной из тем научной работы Е.В. Никитюк является также олигархическое движение в древней Греции. Был опубликован ряд статей, посвященных установлению олигархического правления в Афинах в 411 и 404 г., роли...

Специалист в области архивоведения. Также в сферу научных интересов входили вопросы истории министерства народного просвещения и студенческого движения накануне и в ходе революции 1905-1907 гг.

В центре внимания Н. находились вопросы истории права и юридической практики. Признается одним из ведущих отечественных специалистов в области истории римского права. При этом, в первую очередь, известен как популяризатор православно-монархических идей. В начале XX в., во многом вынужденно, Н. меньше внимания уделяет научной деятельности, концентрируясь на политической. Также Н. достаточно известен как поэт и литературный критик, исследователь истории русской литературы XIX в.

Н. является признанным специалистом в области истории русской православной церкви допетровского периода. Важной заслугой ученого явлеется обнаружение, исследование и переиздание памятников древнерусской литературы. Широкое распространение получили выводы Н., сделанные в результате исследования древнерусских летописей, в т.ч. и Повести временных лет.

Н. известен своими трудами в области истории и теории права. Свою магистерскую диссертацию Н. посвятил истории развития практики секвестрации – наложение запрета на пользование каким-либо имуществом. Отмечая слабую изученность и отсутствие четкого определения для данного явления, Н. проводит исследование основных положений о секвестрации в праве античного, средневекового и нового времени (в т.ч. и на примере русского права). Докторскую работу Н. посвятил законам о защите частного имущества в Европе эпохи Средневековья. Также среди трудов Н. стоит отметить «Поручительство в его историческом развитии по русскому праву», 1895. Н. утверждает, что современные ему отечественные цивилисты, чрезмерно увлекались проведением сравнительного анализа русского и европейского права. В это же время исследование истории и содержания русского гражданского права осталось без должного внимания, поэтому целью своей работы автор ставит восполнение этого пробела. Н. концентрируется на анализе практики поручительства в Российском законодательстве от времен Киевской Руси и до конца XVIII в.