В 1880 г. окончил 2-е Константиновское военное училище в Санкт-Петербурге. По личной просьбе отправлен служить в казачьи войска на р. Амур. В 1884 г., после возвращения в Петербург, арестован за участие в народовольческом кружке. Принимал активное участие в революции 1905-1907 гг. В 1910 г. выслан на 3 года из России. С 1914 г. серкетарь Вольного экономического общества.
История революционного движения в России, история российской общественной мысли. Интересовался также иностранными революционерами (см.: Маркиз Лафайет. Деятель трёх революций. – М., 1899) и историей революционной печати. Связывал народничество со славянофильством. Последнее осуждал за «политический аполитизм» и видел истинное призвание «Народной воли» в борьбе за конституцию.
Богучарский В. Я. Активное народничество семидесятых годов. – М.: М. и С. Сабашниковы, 1912. – 384 с.; Он же. Три западника сороковых годов: (П. Я. Чаадаев, В. Г. Белинский, А. И. Герцен). – СПб.: Н. О. Попова, 1901. – 394 с.; Он же. Из истории политической борьбы в 70-х и 80-х гг. XIX века: Партия «Народной воли», её происхождение, судьбы и гибель. – М.: Рус. мысль, 1912. – 483 с.
Кранихфельд В. В. Я. Яковлев-Богучарский // Былое. 1917. №1-2. Шумейко М. Ф. К научной биографии В. Я. Богучарского // Археографический ежегодник за 1980 г. М., 1981; Богучарский Василий Яковлевич // Каталог личных архивных фондов отечественных историков. М., 2012. Вып. 3. Вторая половина XIX – начало ХХ веков. Ч.1. А.-В. Отв. ред. С.О.Шмидт. Сост. Т.В. Медведева, М.П. Мироненко, В.А. Черных. С.436-443.
ГАРФ. Ф.854 (Богучарский-Яковлев В.Я.)
ЦГИА СПб: Фонд 2187 Опись 1 Дело 38. Письмо Яковлева-Богучарского (?); ЦГИА СПб.: Фонд 569 Опись 13 Дело 1618
Об отказе в разрешении на проведение Обществом русских писателей для помощи жертвам войны вечера в память писателя В.Я. Яковлева-Богучарского;
РГАЛИ. Ф. 1696. Богучарский В. Я.
ГЛМ. Ф.2 (Богучарский В.Я.)
Сост. Боднарчук Д. В., отв. Дворниченко А. Ю.
Петербургская историческая школа (XVIII – начало XX вв.): информационный ресурс. СПб., 2016-.
Ред. коллегия: Т.Н. Жуковская, А.Ю. Дворниченко (руковод. проекта, отв. ред.), Е.А. Ростовцев (отв. ред.), И.Л. Тихонов
Авторский коллектив: Д.А. Баринов, А.Ю. Дворниченко,Т.Н. Жуковская, И.П. Потехина, Е.А.Ростовцев, И.В. Сидорчук, Д.А. Сосницкий, И.Л. Тихонов и др.