Исследовательская работа В.А. Мякотина была посвящена изучению социальной истории левобережной Украины. В своих трудах он приходит к заключению о национально-историческом родстве русского и украинского народов. Анализируя проблему украинского сепаратизма (Переяславский договор 1654-го года. Прага, 1930) он отстаивает точку зрения о том, что у левобережной Украины не было особых прав при вхождении в состав Русского государства. Его работы внесли важный вклад в обоснование необходимости единства между Россией и Украиной. Это мнение разделяли С.П. Мельгунов и П.И. Милюков. Значителен вклад В.А. Мякотина в историографию украинского крестьянства и проблемы социально-экономических отношений на Украине в XVII-XVIII вв. Он ввёл в научный оборот множество документов по данной теме. Изучая особенности государственного строя на Украине после восстания Б. Хмельницкого (1648-1654), он пришёл к выводу о значительной роли в нём социальной элиты. Таким образом, установление крепостного права в левобережной Малороссии в XVIII в. было следствием политического и социально-экономического строя Малороссии. Это наблюдение опровергло теорию, господствовавшую в историографии XIX в. концепцию, согласно...
В центре научной деятельности М. – культура Древней Руси. Основным предметом его исследований стало зодчество Великого Новгорода XI-XII вв., его сравнение с архитектурой городов Италии, Австрии и Германии. В своей неоконченной магистерской диссертации он рассмотрел особенности архитектурного строения и росписи Церкви Спаса на Нередице. Указывая на присутствие романских и византийских элементов в оформлении храма, М. прослеживает связи Новгородской земли с Византией и Западными странами. Одну из своих работ М. посвятил церкви Николая Чудотворца на о.Липне. Проанализировав первоначальные архитектурные формы, уточнив датировку ее основания и установив схемы ее росписи, М. приходит к выводу, что данная церковь является основоположником особого типа новгородских храмов. Также в своих трудах М. касался вопросов, связанных с Софийскими соборами в Новгороде и Киеве.
Н. – специалист в области истории русского права и законодательства допетровского периода. Также занимался изучением вопросов военно-уголовного законодательства и церковного суда.
Н. – знаток русской классической литературы XVIII-XIX вв. В своих исследованиях и очерках Н. дает характеристику жизни и творчества таких писателей и поэтов Державин, Карамзин, Крылов, Батюшков, Пушкин, Гоголь, Гончаров, Грибоедов, Лермонтов и др. Н. видел неразрывную связь между сочинением и жизнью его автора, а потому уделял биографическим подробностям большое внимание. Работа Н. о Новикове как журналисте, стала очень ценным изданием по истории журналистики; также большую ценность представляют его работы по литературной критики. Однако в центре его интересов всегда находилось методика преподавания литературы в школе и школьные учебники по этому предмету. Созданный им учебник «История русской словесности» выдержал более 25 изданий и стал классикой учебной литературы. Помимо учебников, Н. уделял пристальное внимание составлению школьных учебных программа и сам был автором некоторых из них.
Специалист в области преподавания истории в военных учебных заведениях.
Н. – специалист в области истории и теории права. Н. подготовил ряд статей по истории правовых отношений в России, Германии, Франции. Также Н. опубликовал целый ряд рецензий на работы В.В.Ефимова, П.И.Новгородцева, К.И.Малышева, Ф.В.Тарановского и др. Стоит отметить переводческую деятельность Н., он участвовал в подготовке издания на русском языке «Институций римского права» Р.Зома, «Гражданского права Германии» Колера и Бернгёфта и др.
Н. – крупный специалист по теории и истории русской литературы. Им был разработан курс теории российской словесности, на протяжении долгих лет читавшийся в Санкт-Петербургском университете. Кроме того, Н. занимался созданием критических обзоров и редактированием произведений Пушкина, Островского и мн.др. Н. также приобрел особую известность как автор дневника и мемуаров – ценных источников по истории общественной и литературной жизни России 1820-1870-х годов, в том числе истории Санкт-Петербургского университета.
Классическая филология (греческая диалектология и драматургия), византиноведение. Многие его работы были посвящены вопросам диалектологии, в частности, магистерская диссертация, в которой автор изложил сущность феокритовского эолизма и дал несколько поправок к плохо сохранившемуся тексту стихотворений. Докторская диссертация была посвящена вопросу о составе и порядке драматических состязаний в Афинах, решаемому на основании эпиграфических памятников. Многие положения, раньше считавшиеся бесспорными, благодаря исследованию Никитина были отвергнуты и заменены другими, которые были поддержаны и европейскими учеными.